接著他們調出全球各地的人類腸道菌研究的總基因體學(metagenome)資料。這些資料裡面有著樣本腸道裡所有生物的所有 DNA 序列的資料,分析之後就可以知道腸道裡有固氮菌的這個發現是個特例還是通則。他們分析了來自四個國家 838 個受試者樣本的基因資料,加上原本的日本與巴布亞新幾內亞,在這來自六個國家的資料裡全部都找到了固氮菌的 DNA 序列,證實了這不只是特例而已。人的腸道裡,可能真的住了能固氮的細菌。
SARS 是典型的人畜共通疾病,從啥都能吃的廣東傳出。《下一場人類大瘟疫:跨物種傳染病侵襲人類的致命接觸》(Spillover: Animal Infections and the Next Human Pandemic)這本好書,對 SARS 等等人畜共通疾病肆虐人間的過程,有如推理小說般精彩絕倫的描寫。
在《下一場人類大瘟疫》中,大衛.逵曼不禁要被問或者問自己,為何要高度關注人畜共通傳染病?他沒有懷疑太多,因為有一個世紀絕症,讓他很肯定關注人畜共通傳染病是很重要的,那就是由 HIV 造成的,俗稱愛滋病(AIDS)的後天免疫缺乏症候群。愛滋病是非常令人聞之色變的,這個不必要詳述了吧?《下一場人類大瘟疫》當然也追蹤了這個上個世紀被視作黑死病的疾病的來源。還好在許許多多科學家的努力之下,愛滋病現在算是有藥可救了。
解剖學是生物學的一支,與胚胎學、比較解剖學、演化生物學、系統發生樹研究等相關,又可以分成「巨觀層次」跟「微觀層次」,也就是直接用肉眼可以觀察的一種,跟透過光學儀器去看更小的細胞跟組織構造這一種,特別是後者,包括了我們都熟悉的 X 光、電腦斷層掃描(Computed Tomography,簡稱CT)、心血管造影、超音波、核磁共振等等醫學影像的技術,有點像是天文學家用各種光譜探索大宇宙,而醫學影像專家用各種方式探索身體內的小宇宙。
另外,有研究發現鴨子在地面上睡眠時,能維持半邊腦清醒,以保持對掠食者的警戒[3]。這更增加了鳥能邊飛邊睡這說法的可能性。但這樣的懷疑,一直以來都缺乏研究證據。直到今年(2016年),ㄧ個由德國 Max Planck Institute for Ornithology 所主導的國際研究團隊,證實軍艦鳥(英文俗名:Great frigatebird,學名:Fregata minor,此種鳥的中文命名爭議請見文末)可以在飛行中睡覺[4]。
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軍艦鳥成年雄鳥的喉囊為紅色且會明顯膨脹,是非常顯眼的特徵。圖/By Charlesjsharp – Own work, CC BY-SA 3.0, wikimedia commons.
依據《台灣鳥類誌》,此鳥最初於 1789 年由德國博物學家 Johann Friedrich Gmelin 命名,牠的學名 Pelecanus minor 意指「較小型的鵜鶘」,但後來新的鳥類分類將牠列在新的軍艦鳥屬中,也就改成了現在的學名 Fregata minor。從學名來看 minor 常讓人誤解牠是種「較小的軍艦鳥」,但牠的體型在軍艦鳥屬中其實是較大的,因而得到了 Great frigatebird 的俗名。在這命名過程中的小插曲,導致這種軍艦鳥的中文譯名,同時有「大軍艦鳥」和「小軍艦鳥」兩個截然不同的名字。
為了避免這樣的混淆在《台灣鳥類誌》中以「黑腹軍艦鳥」指稱此種鳥,但這種鳥卻又不是全部都有黑色的腹部,像是雌鳥和未成熟的雄鳥腹部其實是白色的。因此在此筆者用「軍艦鳥」來作為 Fregata minor 的中文譯名。
參考資料:
Liechti, F., Witvliet, W., Weber, R., & Bächler, E. (2013). First evidence of a 200-day non-stop flight in a bird. Nature Communications, 4.
Rattenborg, N. C. (2006). Do birds sleep in flight?. Naturwissenschaften, 93(9), 413-425.
Rattenborg, N. C., Lima, S. L., & Amlaner, C. J. (1999). Half-awake to the risk of predation. Nature, 397(6718), 397-398.
Rattenborg, N. C., Voirin, B., Cruz, S. M. et al. (2016). Evidence that birds sleep in mid-flight. Nature Communications, 7.
Weimerskirch, H., Bishop, C., Jeanniard-du-Dot, T., Prudor, A., & Sachs, G. (2016). Frigate birds track atmospheric conditions over months-long transoceanic flights. Science, 353(6294), 74-78.
Lyamin, O. I., Manger, P. R., Ridgway, S. H., Mukhametov, L. M., & Siegel, J. M. (2008). Cetacean sleep: an unusual form of mammalian sleep.Neuroscience & Biobehavioral Reviews, 32(8), 1451-1484.
Lyamin, O. I., Mukhametov, L. M., & Siegel, J. M. (2004). Relationship between sleep and eye state in Cetaceans and Pinnipeds. Archives italiennes de biologie, 142(4), 557-568.
Downs, C. T., Awuah, A., Jordaan, M. et al. (2015). Too Hot to Sleep? Sleep Behaviour and Surface Body Temperature of Wahlberg’s Epauletted Fruit Bat. PloS one, 10(3), e0119419.
Rattenborg, N. C., Amlaner, C. J., & Lima, S. L. (2000). Behavioral, neurophysiological and evolutionary perspectives on unihemispheric sleep.Neuroscience & Biobehavioral Reviews, 24(8), 817-842.
Thomas, M., Sing, H., Belenky, G. et al. (2000). Neural basis of alertness and cognitive performance impairments during sleepiness. I. Effects of 24 h of sleep deprivation on waking human regional brain activity. Journal of sleep research, 9(4), 335-352.
長頸鹿歷史與當代分布。Mitchell, G., and J. D. Skinner. “Giraffe thermoregulation: a review." Transactions of the Royal Society of South Africa 59.2 (2004): 109-118.。
在論文中的原文是 “Furthermore, short of pure or mixed polyester are worn directly over the buttocks and genitalia during sports, on the beach and during the holidays.”
阿爾泰地區的丹尼索瓦洞穴(Denisova Cave),來自一位女孩的一小塊小指骨頭的碎片,成為發現丹尼索瓦人的契機。圖/Thilo Parg, CC by 3.0, wikimedia commons.
這件年代不明,只知道應該超過 5 萬歲的樣本,來自西伯利亞南方(處於俄羅斯、蒙古、中國、哈薩克的邊界),阿爾泰地區的丹尼索瓦洞穴(Denisova Cave),乍看之下只是一小塊小指骨頭的碎片,沒什麼型態分析的價值,但它幾萬年來都處於低溫的保存環境,也許仍保有足夠的 DNA 可供分析。一試之下發現,這塊化石內含的 DNA 不只是「足夠分析」而已,由其萃取出的 DNA 質量,竟然跟一位活跳跳的現代人差不多。
細胞中粒線體 DNA 的含量,是細胞核內 DNA 的很多倍,所以從這塊化石中一開始復原的是粒線體 DNA。這個粒線體 DNA 序列相當完整,很快就能確認有些前所未見的變異,意謂這塊化石不屬於智人,也不是尼安德塔人,而是來自未知的物種或族群。比較序列差異後的推論是,這種人大概在一百萬年前,就與我們和尼安德塔人分了家[1]。
一百多年來,考古學家曾發掘無數的化石,定義許多已經滅絕的古代人種,建構出一棵人類演化樹。近期才出現的古代 DNA 技術,透過研究遺骸中的 DNA,讓我們能認識古代人種在型態以外的資訊,但過往所有的例子,都是用化石型態來定義物種,丹尼索瓦人卻是史上第一個,對型態特徵完全沒有概念之下,只憑 DNA 就得知的新物種,這不但是古代 DNA 的大勝利,也開創了古生物研究的新紀元。
得知丹尼索瓦人的 DNA 後,若在別的化石見到一樣的遺傳特徵,就可以判斷那個樣本也屬於丹尼索瓦人。與丹尼索瓦基因組一起發表的,還有由一顆臼齒取得的粒線體 DNA。已知的事實是,丹尼索瓦人在百萬年內才與尼安德塔人分家,這顆臼齒卻相當獨特,假如它是第三大臼齒(也就是我們的智齒),那麼它的大小比起百萬年內,幾乎所有已知的古代人種牙齒都要更大;即使它是第二大臼齒,相比之下個頭沒有特別大,它也具備從未在任何化石中見過的型態特徵。
遺傳物質一清二楚,外形只知道牙齒長的特殊;粒線體與細胞核 DNA 的來歷完全不同;型態上幾乎毫無資訊,唯一已知的特徵還不符合百萬年來任何已知化石的古代人種,人口竟然可能比鼎鼎大名、遍佈歐亞西方的尼安德塔人更多。以上並列的事實怎麼看都有股違和感,但丹尼索瓦人,就是這樣一種充滿各種違和感的生物。
他是尼安德塔人,卻有丹尼索瓦型粒線體
西班牙的胡瑟裂谷(Sima de los Huesos)有批 43 萬年前的化石,具有部分尼安德塔人,也有一些海德堡人的特徵,有些學者根據型態判斷,他們可能處於海德堡人演化為尼安德塔人的初期階段[5]。胡瑟裂谷化石中的粒線體 DNA 已經被成功取得,至今仍是最古老的人類 DNA,而且沒人料到,這 43 萬年前的粒線體,DNA 序列竟然更接近丹尼索瓦人,而不是尼安德塔人[6]。
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尼安德塔人、丹尼索瓦人、智人,與胡瑟裂谷人四者,粒線體 DNA 間的親緣關係,與估計的分化年代。圖/改編自 ref 6
今年的新研究再接再厲,從胡瑟裂谷化石的另外 4 個樣本中,獲得少少的粒線體 DNA,更重要的是,還從其中 2 個樣本取得一些些細胞核 DNA。結果相當有趣,所有樣本的粒線體 DNA 片段都更接近丹尼索瓦人,與之前的結論一致;然而源自細胞核的 DNA,卻明顯更類似尼安德塔人,符合胡瑟裂谷人屬於早期尼安德塔分支的推論[7]。
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尼安德塔人、丹尼索瓦人、智人,與胡瑟裂谷人四者,細胞核 DNA 間的親緣關係,與估計的分化年代。圖/改編自 ref 7
不過新的論文提出了又一種論點:或許尼安德塔族群本來配備的粒線體,其實跟丹尼索瓦人一樣,但他們之後與某種未知人種間有了情慾交流,接受新的粒線體,我們熟悉的「尼安德塔粒線體」反而才是遺傳交流的產物。智人與尼安德塔人的粒線體 DNA 大約分開 44 萬年,比雙方基因組分家的時間更短,從年代研判,若是真的有個貢獻粒線體給尼安德塔人的「未知人種」,他在遺傳上應該跟智人會比較接近。
Krause, J., Fu, Q., Good, J. M., Viola, B., Shunkov, M. V., Derevianko, A. P., & Pääbo, S. (2010). The complete mitochondrial DNA genome of an unknown hominin from southern Siberia. Nature, 464(7290), 894-897.
Reich, D., Green, R. E., Kircher, M., Krause, J., Patterson, N., Durand, E. Y., … & Pääbo, S. (2010). Genetic history of an archaic hominin group from Denisova Cave in Siberia. Nature, 468(7327), 1053-1060.
Meyer, M., Kircher, M., Gansauge, M. T., Li, H., Racimo, F., Mallick, S., … & Sudmant, P. H. (2012). A high-coverage genome sequence from an archaic Denisovan individual. Science, 338(6104), 222-226.
Sawyer, S., Renaud, G., Viola, B., Hublin, J. J., Gansauge, M. T., Shunkov, M. V., … & Pääbo, S. (2015). Nuclear and mitochondrial DNA sequences from two Denisovan individuals. Proceedings of the National Academy of Sciences, 112(51), 15696-15700.
Arsuaga, J. L., Martínez, I., Arnold, L. J., Aranburu, A., Gracia-Téllez, A., Sharp, W. D., … & Carbonell, E. (2014). Neandertal roots: Cranial and chronological evidence from Sima de los Huesos. Science, 344(6190), 1358-1363.
Meyer, M., Fu, Q., Aximu-Petri, A., Glocke, I., Nickel, B., Arsuaga, J. L., … & Pääbo, S. (2014). A mitochondrial genome sequence of a hominin from Sima de los Huesos. Nature, 505(7483), 403-406.
Meyer, M., Arsuaga, J. L., de Filippo, C., Nagel, S., Aximu-Petri, A., Nickel, B., … & Viola, B. (2016). Nuclear DNA sequences from the Middle Pleistocene Sima de los Huesos hominins. Nature, 531(7595), 504-507.
Prüfer, K., Racimo, F., Patterson, N., Jay, F., Sankararaman, S., Sawyer, S., … & Li, H. (2014). The complete genome sequence of a Neanderthal from the Altai Mountains. Nature, 505(7481), 43-49.
除了特立獨行的大小腿外,棘龍的趾和爪也大有文章。多數獸腳類二足恐龍(像是暴龍)的足印只會看到三趾,第一趾並不會接觸到地面。 但是棘龍的第一趾卻異於常人地長,而且是可以接觸到地面的!爪子的部分又大又長、底面平坦,不像暴龍牠們的爪子成彎曲狀(讓我想到《侏儸紀公園 I 》的胖小弟和迅猛龍爪)!這樣趾和爪的特徵和不停棲的涉禽一個模子樣,棘龍也很有可能和這些水鳥一樣趾間具有蹼狀的軟組織呢。這又是棘龍得以在水中以後肢優游自得的另一項證據。
C是棘龍的大腿骨、G是暴龍的,兩者密度差非常多。Image from Ibrahim et al. 2014
陸上步態:不可能是二足行走!
這邊要跟 BBC 影片和侏儸紀公園抱歉了,這篇文獻明確地指出棘龍在陸地上只能仰賴「四肢行走」。除了牠們水平向的薦髂關節外,棘龍全身的重心坐落在一個不可能以二足行走的位置,身體前段太重了。但這樣的重心卻能幫助棘龍在水中以後肢驅動游泳時保持平衡!所以,以後棘龍到陸地上都要用四隻腳走路囉,向結實粗壯的美腿說掰掰!
Hsiao, Y., Ślipiński, A., Deng, C., Pang, H. 2017. A new genus and species of soldier beetle from Upper Cretaceous Burmese amber (Coleoptera, Cantharidae, Malthininae). Cretaceous Research 69: 119-123.
Doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.cretres.2016.09.002
最後科學界接受了她的方法,承認她的貢獻。1986 年,美國哈佛大學出版社為她出版了《岡貝的黑猩猩》(The Chimpanzees of Gombe),是她 25 年的研究結晶,當時是科學界的一大盛事。
她開啟了一扇窗子,讓我們能夠窺伺黑猩猩的心靈。透過這扇窗子,我們還能遠眺人類心靈的自然史根源。
因為根據 DNA 證據,人與黑猩猩源自同一個祖先,800~600 萬年前才分別演化。因此,人與黑猩猩可能遺傳了類似的性向。另一方面,大猿中,只有黑猩猩生活在類似人類的社群中——成員包括許多成年雄性與雌性。本書最重要的貢獻,就是揭露了黑猩猩社群的政治運作模式。可是德瓦爾一再提醒我們:阿納姆動物園的黑猩猩可能是一個特例。因為牠們的生活方式、生活設施、與社群組成,都與野外「自然狀態」中的黑猩猩不同。
長久以來,黑猩猩給人的印象就是好色之徒,生活在從不間斷的性愛與罪過之中,可比波希(Hieronymus Bosch)在《人間樂園》(The Garden of Delights)中所描繪的人們。最早黑猩猩的拉丁學名為 Pan Satyrus,其實其來有自。人們過去甚至認為叢林裡的雄黑猩猩為喜歡強暴人類女性。這種老掉牙的主題在《金剛》(King Kong)這部電影也出現過,只是電影的主角是一隻大猩猩。這些綁架或強暴的故事只不過是恐怖小說,除非黑猩猩從小就和人類一起生活,否則並不會對人類產生性慾。即便在同類之間,黑猩猩也不會放縱肉慾。他們的性交受到明確的規範。黑猩猩雖然並沒有單一配偶的習性,但他們的性生活也不至於荒淫無度。
替我工作的一位研究員瑪麗艾特(Mariëtte van der Weel)曾研究過伴侶偏好的現象以及安珀在 1977 年旺盛的性慾。瑪麗艾特也研究了黑猩猩幼兒與青少年的一種奇特行為,即靈長類動物學文獻中所說的「性干擾」(sexual harassment)。大人開始性交時,小孩便會跑過去。他們跳上雌黑猩猩的背,推開她的性伴侶,或是夾在他們中間扭來扭去。他們也會對性交中的猿丟沙子,或者不顧自己體型大小,朝著他們做出威嚇舉動。不過他們很少公然做出攻擊行為。
從母恆河猴的身上,我們看見了什麼啟示?在這篇動物研究裡,即使供給資源、健康照護和風險行為都差不多,社會地位還是影響了母猴的免疫反應。「如果你能改變你的社會條件,你的免疫相關基因表現會更像你現在的樣子,而不是你過去的處境。」本文的共同作者 Jenny Tung 表示 [3]。此外,另一位共同作者 Luis Barriero 更認為,在社會地位低的母猴身上的發炎反應,可能解釋了為何貧窮和工人階級,有較高的機率罹患與發炎有關的疾病,像是心臟病和糖尿病。
「雖然強烈的免疫反應在面對感染時能救你一命,但相同的機制如果控制不好也會造成傷害。」[4]
其他科學家又是怎麼看待這份研究的呢?表觀遺傳學家 Michael Kobor 認為「研究團隊並未控制這些母猴成年前的生活史,而許多研究顯示:成年前所發生的不幸,能夠對往後的健康造成長期影響。」此外,他也指出本研究未考慮到母猴個體之間的遺傳差異,某些猴子天生就是比較對不幸的遭遇比較敏感[5]。而且就算人類和恆河猴都是靈長類,但社會地位的建構方式和個體的反應方式可不見得完全相同,不能輕易畫上等號。
Fiscella, Kevin. “Relationships Between Income, Health Behaviors, and Life Expectancy."Jama 8 (2016): 880-880.
Snyder-Mackler, Noah, et al. “Social status alters immune regulation and response to infection in macaques."Science 6315 (2016): 1041-1045.
Caruso, Catherine. “Who’s top monkey? How social status affects immune health."Scientific American. November 24 (2016).
Duke University. “Upward mobility boosts immunity in monkeys: Changes in social status affect the way genes turn on and off within immune cells." November 24 (2016).
Callier, Viviane. “Climbing the social ladder can strengthen your immune system, monkey study suggests." Science Magazine. November 24 (2016).
英格蘭南部多塞特(Dorset)地區沿岸的海邊小鎮來姆利吉斯(Lyme Regis),也是瑪莉安寧發現許多侏儸紀時代化石的海岸。圖/By Kevin Walsh – originally posted to Flickr as jurassic, CC BY 2.0, wikimedia commons.
那時候還沒有人知道恐龍(1820 年代和 30 年代才發現恐龍),對地球上大部分已滅絕的動物幾乎都一無所知。確實,大部分的人(尤其是學者)都否認大滅絕曾經發生過,因為上帝會眷顧所有生命,連最微不足道的麻雀也不例外,祂不可能允許祂的任何創造物消失。詩人亞歷山大.波普(Alexander Pope)的作品《人論》(An Essay on Man, 1733)就說:「泰山與鴻毛之死,主均一視同仁。」(Who sees with equal eye, as God of all, / A hero perish, or a sparrow fall.)
(圖 14.1)最早的魚龍化石圖示,康尼比爾繪。圖 / 出自康尼比爾“Additional Notices on the Fossil Genera Ichthyosaurus and Plesiosaurus,” Transactions of the Geological Society of London, 2nd ser., 1 〔1822〕
1817 年,擔任大英博物館自然史部門研究員的查爾斯.迪耶崔奇.埃伯哈特.科尼(Charles Dietrich Eberhard Konig, 原名卡爾. 迪耶崔奇. 埃伯哈特. 科尼〔Karl Dietrich Eberhard König〕)非正式地把這塊化石命名為魚龍(Ichthyosaurus,是源自希臘文的「魚」和「蜥蜴」組合而成的字),因為他發現這個化石同時具有魚和蜥蜴的特徵。1819 年 5 月,他為大英博物館購藏到這件化石並永遠典藏。1822 年,英國地質學家威廉.康尼比爾(William Conybeare)正式記載並命名包括這件標本在內的多件化石,也正式採用「魚龍」這個屬名,於是之後發現的這類化石均以此為名(從此不需要使用始龍類這個名稱)。